La série suit un nouveau protagoniste, Gingka Hagane, bladeur incroyablement doué venu récemment en ville. Gingka se lie rapidement d'amitié avec Kenta, un garçon timide, et Madoka, une jeune fille expert technicienne du beyblade. Deux autres personnages-clé, Benkei et Kyoya, commencent en tant qu'antagonistes pour plus tard devenir des rivaux amicaux de Gingka. Parallèlement, une organisation appelée la Nébuleuse Noie tente de s'emparer du pouvoir d'une toupie "interdite", L-Drago.
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